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2022年09月01日
【安徽日报】巢湖淡水噬藻体研究获新进展

本报讯(记者 陈婉婉)记者8月24日从中国科学技术大学获悉,该校生命科学与医学部周丛照教授课题组,从巢湖成功分离五株侵染伪鱼腥藻Chao1806的噬藻体Pam1~Pam5,揭示了它们进化的多样性,以及在巢湖自然水体中的相对丰度,并以这5株实验室纯化的噬藻体基因组序列作为参考基因组,鉴定了10株尚未培养的噬藻体。相关研究成果于8月17日在线发表于微生物领域顶级期刊《微生物群》。

光合自养微生物蓝藻作为地球上最重要的初级生产者,参与调控碳氮等物质循环。然而随着全球变暖以及城市化和工业化发展,水体富营养化日益严重。全球淡水水体每年都大范围爆发季节性蓝藻水华,对周边流域的生态环境及人畜安全造成重大危害。噬藻体是一类特异性侵染和裂解蓝藻的噬菌体,是蓝藻的天敌,参与调控蓝藻的季节性消长,因此有望成为一种环境友好型的水华治理工具。相比于被广泛研究的噬菌体和海洋噬藻体,迄今为止只有少数的淡水噬藻体被分离、鉴定和测序,在很大程度上限制了噬藻体的研究和应用。

通过在水华爆发季节从巢湖采集水样,该课题组研究人员首先从巢湖水体中分离和放大培养了一株伪鱼腥藻Chao1806,并以此为宿主,筛选分离得到5株尾部形态各异的淡水噬藻体Pam1~Pam5。全基因组测序表明,这五株噬藻体的双链DNA基因组长度在36~142Kb之间。随后的比较基因组学和系统发育分析表明,Pam1~Pam5具有不同的DNA包装机制,且在进化上是相互独立的。研究人员计算了它们在巢湖南淝河口水体中的相对丰度,结果表明短尾噬藻体Pam1和Pam5占主体。进一步,作者以Pam1~Pam5和先前报道的其它淡水噬藻体基因组作为参考基因组,从巢湖水体的宏基因组数据中聚类出10个新的尚未培养的淡水噬藻体重叠群。基于上述分析,作者提出了一种鉴定新噬藻体新策略,可应用于系统性挖掘未培养的噬菌体或病毒的完整或部分基因组。结合合成生物学手段,将体外合成的基因组转化适当宿主,可以得到大量新的噬藻体,大大丰富地球上已知微生物库。

《安徽日报》( 2022年08月30日 12版)

https://szb.ahnews.com.cn/ahrb/content/202208/30/c928858.html

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