会议期间，中国首批九所“９８５”大学（Ｃ９）校长或校长代表，与美国大学联盟（ＡＡＵ）、欧洲研究型大学联盟（ＬＥＲＵ）、澳大利亚八校联盟（Ｇｏ８）的负责人，共同签署了旨在阐释现代研究型大学的主要特征与使命的《合肥宣言》，首次就现代研究型大学特征和使命达成共识，承诺共同推进研究型大学在全球范围内发展。

宣言指出，最近几十年来，随着经济的发展和大学教育由精英走向普及，大学运行的政策环境也随之改变，许多国家对待大学过于功利化，忽略了大学其他重要作用，导致国家科研和高等教育政策以短期性的、高度具体化的成果为核心。这种工具主义做法贬低甚至放弃了大学的深层能量和无形产出。

宣言强调，倘若政策环境持续强调短期临时性利益、忽视长期性发展，强调现存已知性、忽视探索求知性，侧重狭窄性、忽略广博性，那么，各国的大学都将面临丧失影响力的风险。因此，至关重要的是，高教政策必须认可大学科研与教学带来的广泛、长期、深远的益处，并且提供支持和环境来保证这些高校持续繁荣，维护研究型大学的核心特质，因为这些特质才使得研究型大学成为国家基础结构中无价的组成部分。

“相信《合肥宣言》的签署将推动国际上最为重要的大学之间合作与交流的不断深化，也将掀开我国一流研究型大学建设的崭新一页。”中国科学技术大学校长侯建国说。

据悉，２０１３一流大学建设研讨会期间，中国首批九所“９８５”大学的校长，美国大学联盟、欧洲研究型大学联盟、澳大利亚八校联盟负责人，美国麻省理工学院、香港大学、香港中文大学、香港科技大学校长，围绕“面对变化的世界：一流研究型大学的责任与作为”和“信息化时代的教与学”展开热烈讨论。